Святая Святых, как следует из названия, была самой священной частью Храма. Вход в нее был запрещен, лишь Первосвященник заходил туда раз в году в Йом-Кипур.

Размеры Святая Святых были 20 локтей в длину, 20 локтей в ширину и 40 локтей в высоту. Пол и стены были покрыты золотом, как в Святилище.

В Святая Святых находился камень, возвышавшийся над полом на три пальца. Он был впервые обнаружен царем Давидом и пророком Шмуэлем.

На этом камне во времена Первого Храма покоился золотой Ковчег, в котором находились Скрижали Завета. В дни царя Иошиягу он был спрятан, и во Втором Храме Ковчега не было.