Вопрос: Почему, упоминая Б-га в молитвах, мы говорим "Он", если Б-г и не мужчина, и не женщина?

Ответ: Потому, что, как правило (бывают исключения: в определенных контекстах используются и местоимения женского рода применительно к определенным проявлениям Б-жественного), говоря о Б-ге, мы имеем в виду Б-жественную ипостась влияния на мироздание: Творец и Владыка мира. Именно к нему мы обращаем свои молитвы.

А эта ипостась в наших представлениях и в нашей реальности связана с (условно) мужским началом. Точнее говоря, наша мужественность связана с духовной силой "влияния" (а женственность, соответственно, с "восприятием влияния", как, например, в механизме зачатия и т. д.).